SimMasto Model part
SimMasto Model part
A simulation model is
the main expected outcome of the project;
this part of the project provides
information about the design and current state of progress of the model
Case study #1 - population genetics in an heterogeneous landscape
June 2011
Rapport de stage Master 2: Modélisation spatialisée de la variabilité génétique de populations de rongeurs sauvages dans un paysage explicite
Preliminary sensitivity analysis of (i) population max size and (ii) time before extinction to the rodent agents’ longevity parameter and three types of domain heterogeneity (powerpoint pps version)
Progress status of the project
12.10.11 (slides & video) Progress report at the 'groupe rongeurs' meeting in CBGP, 08 sept. 2011 09.12.10 (web page) Progress report at the 'groupe rongeurs' meeting in CBGP, 09 déc. 2010 (video excerpts) 09.10.09 (4 slides) Progress report at the 'groupe rongeurs' meeting in CBGP, 14-15 sept. 2009
Presentation of the project's framework
03.07.08 (pdf 4.4Mo) Modélisation intégrative verticale d’une connaissance multi-échelles : la dynamique des petits rongeurs hôtes et de leurs parasites: Présentation du cadre problématique et propositions méthodologiques pour le projet de modélisation. Présentation devant le groupe thématique système complexes, CBGP, 3 juillet 2008 (résumé) 12.05.08 (pdf 3,8Mo) Tentative delineation of an agent-based project for vertical integration of multi-scale knowledge: A case study on small rodents hosts and their parasites bioecology. Annual agent-based modeling conference, Swarm Development Group, Chicago, Northwestern Memorial Hospital, 12 mai 2008
Identifying the current thematic questions
Working on concepts (3):
- scales: the research levels of understanding, the functional level of dynamics
- the metalist: various concepts lists dealt with in the scientist group (such as pest inventory, varied types of output, ...)
Working on concepts (2): lexical clustering analysis of the team funding documents: Working on concepts (1): brain storming on literature: Elaboration of a protocol to interview the thematic scientists (i.e., rodent group thematicians problematics elicitation)
- The particular model we aim to develop is advocated to be a framework where the questions raised by scientists from their research are dealt with as an integrated whole. As a precondition to the definition of the scope, nature and expected outcomes of the model, it is necessary to try identifying what questions are topical in all the diversity offered by the scientists of the team.
- For this purpose, we try to interview successively each 'expert' and try to depict :
- the field and limits of his/her problems
- the terminology associated with this field,
These two range of questions should then lead to the elicitation of:
- the questions unsolved and their formulation.
: download the current version of the questionnaire
Model design
Sujet , démarrage: 14/02/11
Rapport, juin 2011Résumé: sujet de stage DUT informatique: L’objet du stage est de concevoir et formaliser un module de visualisation permettant à des biologistes de suivre et contrôler de manière graphique le comportement des agents du modèle et le déroulement de simulations réalisées avec cette plate-forme.
Rapport , 12.05.09 - (pdf 1.2Mo)
Résumé: Ce document présente l’enchaînement et les procédures à suivre pour la récupération et l’implémentation de supports spatialisés dans la plate-forme de simulation SimMasto. La chaîne gère des données issues de SIG (shapefiles), de cartes numérisées à partir d’images géoréférencées, d’applications type GoogleEarth ou de grilles théoriques. Le rapport présente un schéma synoptique général de la chaîne de traitement associé à la description détaillée de chacun des modules et des modalités de leur réalisation. Ce travail a été réalisé au CBGP dans le cadre du projet SimMasto et du stage de formation de DUT informatique de Q.Baduel.
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