L'évolution des virus

Le concept de populations virales en équilibre  |  Evolution par mutations ponctuelles  |  Evolution par recombinaison génétique  |  Evolution par réassortiment des gènes  |  Evolution par délétion ou duplication de gènes

Évolution par recombinaison génétique

La recombinaison génétique est une propriété fondamentale pour l’évolution. Elle est définie comme un processus au cours duquel du matériel génétique est échangé entre deux virus, donnant naissance à un descendant qui possède un acide nucléique provenant des deux parents. Au niveau moléculaire, la recombinaison s’effectue lors de la réplication d’un virus, la réplicase peut copier des fragments d’ARN des deux virus. Ce processus génétique peut se réaliser entre des virus de même espèce (recombinaison homologue), ou d’espèces différentes (recombinaison hétérologue). Cette opération nécessite une infection double d’un même substrat cellulaire. Ce processus est bien connu pour les virus VIH : l’infection répétée d’un sujet infecté aboutit à l’obtention de virus recombinants. Ce processus joue un rôle important dans l’évolution des rétrovirus. La recombinaison homologue est également bien connue pour les ribovirus, et en particulier pour les virus de la poliomyélite. La co-infection induite lors de la vaccination avec le vaccin polio oral peut aboutir, avec une fréquence élevée, à la génération de virus recombinants lors de leur réplication dans le tractus digestif. Des variants issus du processus de recombinaison sont fréquemment isolés dans le cas des Coronavirus. Une telle plasticité du génome constitue un handicap pour le développement d’un vaccin vivant atténué contre le Coronavirus responsable du SRAS : en effet, on peut envisager qu’un vaccin vivant atténué, en se répliquant, puisse se recombiner avec un autre Coronavirus humain qui aurait simultanément infecté le sujet vacciné, et générer ainsi un nouveau virus au pouvoir pathogène inconnu. L’analyse de la séquence d’un grand nombre de souches de virus de la dengue a révélé la présence de souches recombinantes pour un sérotype donné. Notons toutefois qu’il ne semble pas qu’il existe des recombinaisons entre les quatre sérotypes des virus de la dengue, alors que l’infection humaine par deux sérotypes est couramment rapportée.