L'évolution des virus

Le concept de populations virales en équilibre  |  Evolution par mutations ponctuelles  |  Evolution par recombinaison génétique  |  Evolution par réassortiment des gènes  |  Evolution par délétion ou duplication de gènes

Évolution par délétion ou duplication de gènes

Les mutations et les échanges de matériel génétique chez les virus s’effectuent dans le maintien intégral de la structure du génome viral. On conçoit aisément l’importance que représentent ces mécanismes. Les mutations sont à l’origine d’un processus évolutif lent, en revanche l’échange d’une partie de l’information génétique, telle qu’elle est représentée pour le virus de la grippe, constitue une évolution drastique qui modifie totalement la nature du génome. Mais on a découvert d’autres mécanismes d’évolution des virus qui ne nécessitent pas le maintien intégral de la structure du génome : ceux-ci se situent dans la perte d’une partie de l’information génétique ou encore dans le gain d’un fragment de cette information
Un des exemples qui illustre le mieux ce processus est l'évolution du virus de la grippe des poulets. En 1994, une épizootie de grippe aviaire fut observée dans des élevages au Mexique.Ce virus avait déjà été isolé aux États-Unis. Il induisait une infection quasi inapparente, seule la fertilité des poules était affectée. Les autorités mexicaines n’ont pas cru bon de prendre des mesures sanitaires, dont la plus efficace aurait été l’abattage des élevages infectés. Dans ces conditions, le virus a pu circuler de manière intense pendant plusieurs mois. À partir de 1994, il est devenu hautement virulent, entraînant une forte mortalité. Des changements ont modifié le tropisme du virus et abouti à la mise en circulation d'une souche très virulente pour les poulets.
Un autre exemple des effets de la modification des virus par délétion des gènes est l’apparition en 1984 d’un nouveau virus, responsable d’une infection respiratoire chez les porcs : il a rapidement infecté l’ensemble du cheptel européen, avant de diffuser aux États-Unis et au Japon. Ce virus, dénommé PRCV pour porcine respiratory Coronavirus, est un Coronavirus très proche d’un autre virus porcin responsable d’une gastro-entérite dénommé TGEV pour transmissible gastroenteritis virus. Quel rapport entre ces deux virus au tropisme tout à fait différent ? L’analyse moléculaire de leur génome a montré leur étroite parenté. Une perte d’information génétique a été à l’origine des modifications du tropisme du virus, se traduisant pour le PRCV par un tropisme exclusif pour le tissu pulmonaire. En constituant un mécanisme supplémentaire d’évolution des virus, les délétions du génome, souvent proposées comme moyen de développer des vaccins vivants atténués, doivent à travers l’exemple du PRCV attirer l’attention sur les risques de modification du tropisme cellulaire ou de l’amplification de la contagiosité d’un virus.