Offre de CDD ingénieur en Bioinformatique.
Bioinformatician position
(FR)
Durée : 1 an
Lieu : Institut de Recherche pour le Développement (IRD) - Montpellier.
Date de prise de fonction souhaitée: 1 juin 2012

CONTEXTE :
Notre équipe (http://www.mpl.ird.fr/rhizo) regroupe des chercheurs de l’IRD et de l’Université Montpellier
II. L’IRD (http://www.ird.fr) est un organisme de recherche public (EPST) qui participe à l’aide aux pays en voie de
développement.
Dans un contexte mondial de surconsommation d’engrais azotés conduisant à une dégradation de
notre environnement, l’étude des symbioses fixatrices d’azote constitue un enjeu important. Si la symbiose
Rhizobium-légumineuses est très étudiée, il existe un deuxième groupe de plantes symbiotiques toutes aussi
importantes, appelées plantes actinorhiziennes. Ce sont principalement des plantes ligneuses. Lors des symbioses
actinorhiziennes, comme dans les symbioses Rhizobium-Légumineuses, la plante hôte et la bactérie Frankia passent
par une série d'interactions complexes conduisant à l'expression de gènes spécifiques qui induisent la formation de
nouveaux organes racinaires, siège de la fixation azotée: les nodules.
L’objectif de nos recherches est de comprendre les mécanismes moléculaires et cellulaires qui aboutissent
à la mise en place et au fonctionnement des nodules symbiotiques et nos travaux portent sur l’arbre tropical
Casuarina glauca (filao). Nous avons développé depuis quelques années une approche de génomique fonctionnelle
sur notre système modèle Casuarina glauca-Frankia. Nous disposons d'une base de données d'environ 40 000
séquences EST, à partir de laquelle 15 000 unigènes ont pu être identifiés. Ces unigènes ont ensuite été utilisés pour
la réalisation de puce à ADN. L'ensemble de ce travail a débouché sur l'identification de gènes impliqués dans le
développement nodulaire.
Récemment, nous avons obtenu un projet ANR "SESAM" pour l'identification de gènes exprimés très
tôt lors de la symbiose. Ce projet est réalisé en utilisant les méthodes de séquençage NGS. Un transcriptome de
référence a d'ores et déjà été obtenu, ce qui va nous permettre de réaliser des analyses d'expression via du RNA Seq
(Illumina/Solexa) au cours d'une cinétique d'infection de la plante par la bactérie. Ce projet propose aussi de mettre à
disposition de la communauté scientifique l'ensemble des données transcriptomique obtenues au travers d'un portail
Web. L’analyse de ces données et leur intégration dans un portail seront réalisées en collaboration avec l’équipe
LABGeM du Genoscope avec laquelle nous collaborons dans le cadre de l’ANR.

MISSIONS :
1- Ré-annotation du transcriptome de référence de Casuarina. Une première analyse (assemblage, annotation) a
déjà été réalisée mais doit être complétée par une comparaison avec des espèces proches.
2- Analyse différentielle d’expression de données de séquençage NGS Illumina. Mapping des données contre le
transcriptome de référence et analyses statistiques des niveaux d’expression.
Mise en place/utilisation d'outils pour la visualisation et l'interrogation des données.
3-

La personne recrutée assurera également un transfert de compétence vers l'équipe Rhizo.

ENVIRONNEMENT :
L’ingénieur intègrera l'équipe Rhizo et travaillera en collaboration avec le plateau Bioinformatique IRD (http://
bioinfo.mpl.ird.fr/), la plateforme Southgreen (http://southgreen.cirad.fr/) et l'équipe LABGeM du Genoscope (https://
www.genoscope.cns.fr/agc).

COMPETENCES :
- Connaissances générales dans le domaine de la génétique et de la biologie moléculaire.
- Expérience en analyse de données NGS souhaitée. Maîtrise d’outils d’analyse de NGS (ex : logiciels de mapping,
SAMtools, DESeq…)
- Maîtrise des systèmes Unix/Linux.
- Compétences avancées en programmation, et en développement Web.
- Maitrise des SGBD (ex : MySQL, PostgreSQL) ainsi que du langage SQL.
- Savoir analyser les besoins des utilisateurs.
- Assurer la veille technologique dans le domaine.
- Autonomie et sens de l’organisation.

Envoyez vos candidature (CV + lettre de motivation + références) ou toute demande d’information à Valérie Hocher:
valerie.hocher@ird.fr.

(EN)
+++ NON FRENCH CANDIDATES ARE WELCOME TOO+++
contact valerie.hocher@ird.fr for details