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Les sols, des milieux vivants très fragiles

Les fonctions du sol

Les recherches de l'IRD et de ses partenaires

Diversité des micro-organismes du sol

Trop souvent considéré comme un environnement minéral, le sol est aussi un lieu de vie. Il héberge une très forte diversité  d’espèces (23 %), des vers de terre aux amibes qui participe à son fonctionnement et à la fourniture de services écosystèmiques nécessaires à notre survie (production végétale, épuration des polluants etc.). Parmi ces espèces, les microorganismes sont, sans conteste, les plus nombreux et les plus divers. Composés de bactéries, d’archaebactéries et de champignons, ils assurent des fonctions essentielles comme la  biodégradation de la matière organique, la production de nutriments pour  les plantes, la fixation d’azote, la dégradation des polluants, etc. Les cycles biogéochimiques comme le cycle du carbone de l’azote ou du phosphore sont sous la dépendance (à plus de 90 %) des microorganismes. Ils sont ainsi responsables de l’émission des gaz à effet de serre comme le CO2, le N2O et le CH4.
Pourtant, malgré cette importance écologique, ils restent très mal connus. Cette méconnaissance du monde microbien du sol a de multiples origines, mais la principale est d’ordre méthodologique. En effet, seul 1 % des bactéries du sol sont cultivables, or, jusqu’à récemment, la culture sur un milieu spécifique constituait la seule méthode de caractérisation des espèces microbiennes. Ce verrou méthodologique a été levé grâce à l’essor des outils moléculaires qui permettent de caractériser et dénombrer les microorganismes dans leur milieu naturel sans passer par l’étape de la culture. Grâce à ces techniques, on a pu montrer qu’un seul gramme de sol peut héberger jusqu’à 10 000 espèces bactériennes différentes et près d’un milliard de bactéries. La plupart appartiennent à des embranchements (ou phylum) pour lesquels n’existe aucun ou quelques rares représentants cultivés, d’où l’impossibilité de déterminer précisément leurs rôles. D’autant plus, qu’une espèce peut assurer plusieurs fonctions et inversement une même fonction peut être realisée par plusieurs espèces différentes. Pourquoi une telle diversité ? Pourquoi plusieurs espèces pour une seule fonction ? Une telle diversité est-elle nécessaire au fonctionnement du sol ? Ces questions sont au centre du débat actuel.

Motte de terre de sol de forêt au Cameroun